(序章)
ザンスカール帝国との戦いの後、各コロニーは地球連邦政府から独立し、それぞれに新政府を樹立する。

当初は連邦政府及び連邦軍と各コロニー政府及び各コロニー軍との間で様々な対立が起こったが、しだいにそれらもおさまっていった。



(第1章 バハムートの乱)
宇宙世紀0180年、ジオン公国が起こした独立戦争である1年戦争終結から100年の月日が流れようとしていた時、サイド5のコロニー「シャイニング」の治安部隊であった
バハムートが議会議事堂・政府要人官邸を占拠する事件が起きる。
革命ともとれる行動を起こしたバハムートの目的は、他のサイド5のコロニーが連邦政府から独立する中、シャイニングの政府が独立に踏み切らないことに業を煮やしたからであった。
この事態に連邦軍は、事態終息のためにシャイングのもっとも近くにいた第11特別部隊を差し向ける



(第2章 ルナ紛争)
バハムートの乱から2年の月日が流れた宇宙世紀0182年、フォン・ブラウンの違法移住者の取り締まりを行っていた特務部隊カオスの横暴に反発する人々によって、月面都市同盟コスモが組織される。これに対してカオスが武力鎮圧を行ったことで、両者は月面都市を舞台に戦いを繰り広げられることになる。
そして偶然、任務でグラナダに来ていた第11特別部隊もコスモとカオスの戦いに関わることになる。



(第3章 黒帝戦争)
宇宙世紀が180年代に入ったころから、地球や連邦政府下にあるコロニーの各地でブラックエンペラーズを名のるテロ組織の活動が活発化していた。そして宇宙世紀0183年、ジオニズムを盲信するブラックエンペラーズとザビ家再興を夢見ていたエルディア財閥が手を組んだ時、戦いは大規模な物へと発展していく。
宇宙と地球で対立する連邦軍とブラックエンペラー。そこには第11特別部隊の姿もあった。



(終章 トリプルG　ミッシングリンク)
バハムートによる革命は失敗に終わったが、バハムート乱の後、各コロニーの連邦政府からの独立はさらに活発化、さらに連邦から独立した各コロニー間での対立も度々起こるようになる。
またルナ紛争でコスモに敗れたカオスだが、カオスに所属していた多くの者が、その母体であったスペースマハに所属、後に弱体化した連邦政府を見限り、連邦政府の乗っ取りへと動きだす。
そして役目を終えたコスモも解散、コスモにMSの提供を行っていたMS開発チームは後の技術者集団セイバーチームの前身となる。

さらにダイクン派とザビ派との分裂の影響で新連邦軍に敗れたブラックエンペラーズのダイクン派の残党の一部がズィー・ジオン・オーガニゼーションに参加、独立運動の象徴となる人物シャア・ダイクンを復活させるべくシャア・コンテニュー・オペレーション計画に協力。

宇宙世紀0203年、ズィー・ジオン・オーガニゼーションは計画によって誕生したシャアのメモリー・クローンによって新たな組織メタトロンとなり、地球逆移民計画を掲げ連邦政府に対して反乱を起こしたマハと対立、マハを倒すも連邦軍への吸収合併を希望するメタトロン上層部との取引により、メタトロンは連邦軍に吸収される。

マハの反乱を治め、メタトロンを吸収した連邦軍であったが弱体化はいちじるしく、さらに宇宙世紀初頭とは比べ物にならないほど多くなったスペースコロニーに対し、連邦政府の力ではかつてのような統制を執ることは不可能となっていた。

しかし権勢の回復を図った連邦政府は強硬策に出てしまい、宇宙世紀0217年、度重なる紛争を鎮圧しようと、コロニーの武力制圧を開始、激しく反発する各コロニー政府と全面戦争となってしまう。

そして宇宙世紀0218年、地球圏統治機構としての地球連邦は事実上崩壊、宇宙世紀0222年にコロニー側と和解するが、一連の紛争により連邦の権威は完全に失墜、、地球連邦は名実ともに終焉を迎えることとなる。

さらに度重なる紛争に伴う環境破壊によっ地球では自給体制が維持出来なくなり、一方のコロニー間での対立も激化。

このような状況において地球における旧連邦派は比較的、地球寄りのサイド2、サイド3、サイド5、サイド7を糾合してセツルメント国家議会を形成。
月面都市、サイド1、サイド4はそれに対抗してセツルメント自由同盟を結成する。

そして、宇宙戦国時代は終わりを告げ、地球圏は2大組織の対立する場へと変わっていくのであった。

機体		形式番号	解説
連邦軍MS
	αガンダム	RXA-999	連邦軍が開発した攻撃型МS。 右腕にビームソードユニットを装備し、左腕にはワイヤークローが搭載されている。
	αガンダムPS サイ	RXA-999改	バハムートとの戦いで破壊されたαガンダムを改修・強化した機体。 ミサイルポッドやロケットランチャーを装備し、火力面が特に強化されている。
EX-1シリーズ 連邦軍主動で行われた新兵器・新技術新技術の開発を目的としたEX計画で開発された機体。 基本設計は全て同一だが、目的別にまったく別の機体となっている。 技術の開発・実験を目的としていることから実験機色が強い。 採算は度外視していることから高性能だが、とても使いにくい機体となっている。
	EX-1SB サイレントブレイブ	VX-01-01	EX-1(イクス・ワン)の１号機。 「オーラセンサー」の実験機。 装備しているシールドは、オーラセンサーを利用した新兵器の一つで、中央部を残して上下に分離しそれぞれがフィンファンネルとなる。 補足/オーラセンサーとはサイコミュの一で、パイロットの感情にリンクし、機体のコンピューターにパイロット状態を伝え、機体の限界性能を変化させるセンサー。
	EX-1EX エクセプション	VX-01-02	EX-1(イクス・ワン)の2号機。 学習能力に優れたAI「エクセプション」の実験機。他のEX-1シリーズに比べて目立った性能は無いが戦闘経験を積めば積むほど、機体の性能は上がっていく。
	EX-1HA ハイ・アーマード	VX-01-03	EX-1(イクス・ワン)の3号機。 重装・重火力ユニット「アームドユニット」の実験機。
	EX-1MF メガ・ファイター	VX-01-04	EX-1(イクス・ワン)の4号機。 EX-1シリーズの中でも、とくに実験機色の強い機体。 30秒間だけ、機体の全能力を3倍化させる「フルパワー機能」を搭載している。 補足/フルパワー機能を使うと、タイムリミット後は機体の全性能が通常時の半分に低下してしまう。
	EX-1SP シルフィード	VX-01-05	EX-1(イクス・ワン)の幻の5号機。 高機動ユニット「シルフィード」の実験機で、ウェーブアタッカー形態への可変機能も搭載していた。 しかし計画(プラン)のみで開発・製造はされなかった。
	ペルセウス	SGM-220	ジェガン系の流れを受け継ぐ連邦軍の主力量産МＳの一つ。
	ヘーリオス	SGM-225	ペリセウス系の最新型。 黒帝戦争(ブラック・エンペラーズとの戦い)末期に配備が開始された。
	ディスガル	SZK-006	ハイザックやマラサイの流れを受け継ぐ連邦軍の主力量産МＳの一つ。
	ディスガル・カスタム	SZK-006C	ディスガルのカスタム機。
	ガンタンクRR ダブル　アール	RR-076	長距離支援を目的に開発された量産型MS 。 頭部が分離してボールユニットになる。
コスモMS
デルタシリーズ デルタ計画によって開発されたＭＳ。 ＭＳの技術は年月の経過と共に飛躍的に発展してきたが、度重なる戦乱によって宇宙世紀180年代には多くの技術が失われていた。 そうした失われた技術の再興を目的としたのがデルタ計画である。 なお Ｚ�VやΩガンダムもデルタ計画によって開発されたＭＳだが、FDX01〜07を開発した工場とは別の工場で開発されたため、開発の方針や型式番号や機体名に違いがある。
	�刄Kンダム	FDX-01	月面都市同盟「コスモ」が開発したガンダムタイプのMS。 後のデルタシリーズのベースとなった機体。
	�刄KンダムMK-�U	FDX-02	�刄Kンダムを可変・合体タイプに改良した機体。上半身は戦闘機に下半身は爆撃機に可変する。 額にはハイメガ粒子砲を搭載している。
	�刄Xペシャル	FDX-03	�刄Kンダムの戦闘力を強化した機体。 エースパイロット用に、全ての面で性能がアップされる予定だったが、思ったほどの性能は出なかった。
	�刄Xペシャル�U	FDX-04	期待したほどの性能を出すことができなかった�刄Xペシャルを、再設計し直した機体。 カオスとの戦いで次々と戦果を挙げていった。
	�刄KンダムMK-�X	FDX-05	�刄Kンダムの機動性を強化した機体。 コスモとカオスの争いは、月面が主な舞台になったため、月面の戦いを考慮して開発されている。
	ガンダム�刄Xレイダー	FDX-06	�刄Kンダムの銃撃戦能力を高めた機体。 右腕に搭載している「スレイダークロス」はビームの出力を、通常のビームライフルの出力からハイメガ粒子砲クラスの出力まで調節することができるビームキャノンである。
	ガンダム�刄tォース	FDX-07	�刄Kンダムの格闘戦能力を高めた機体。 「ハイメガサーベル」と呼ばれる強化型のビームサーベルと、「ハイコートシールド」と呼ばれる通常のシールドとビームシールドが融合したシールドを装備した、最強の剣と盾を持ったMS。
	ガンダム�刄tァイナル	FDX-08	これまでの�刄Kンダムのデータを基に設計された最後の�刄Kンダム。 しかし、開発中に、カオスとコスモの争いが終結したため、この機体が完成することはなかった。
	Z�V ゼッスリー	FGZ-001	Zガンダムのコンセプトを参考に開発された機体。 ウェーブライダー形態での戦闘力が高められている。
	Ωガンダム	FGZ-002	リガズィのコンセプトを参考に開発された機体だが、バック・ウェポン・システム (BWS) が排除され、フィンファンネルユニットが搭載されている、νガンダムの設計も取り入れられているため、ガンダムの名がつけられた。
	プロト・ブラウディクス	BD-000	ガンダム・ブラウディクスの試作機。 ブラウディクス以上の機動性を誇り、乗ったパイロットを再起不能にするMSだといわれていた。
	ガンダム・ブラウディクス	BD-001	拠点強襲用に開発されたガンダムタイプのMS。 高い動体視力を持つパイロットでなければ乗りこなすことはできない。
	ペリクレス	MGM-008	月面都市同盟「コスモ」の主力量産МＳ。 ペルセウスと同系統である。

機体		形式番号	解説
バハムートMS
	ガデス	BMZ-04	バハムートの主力量産機。
	ガルディ	BMZ-05	バハムートの指揮官用MS。 ガデスを様々な面で強化した機体。
	ガーセル	BMZ-09	エースパイロット専用機として開発された高性能MS。6機のファンネルを搭載し、拡散ビーム砲を内蔵している。
カオスMS
	デバイガル	SZK-010	ディスガルの後継機。 特務部隊カオスの専用機と開発された。
	クロノス	SZK-013	特務部隊カオスのエースパイロット専用機。
	ペルセス	SGM-221	ペルセウスの強化改良型МＳ。
	ダロス	SGR-175	ガンキャノンの流れを受け継ぐ中距離攻撃型ＭＳ。 量産化されているが配備数は少ない。
	ガンダムSS シューティングスター	SNG-1SS	カオスが開発したガンダムタイプ。 狙撃に特化した機体で、左目には狙撃用の超高密度センサーが搭載されており、ミリ単位の狙撃を可能にしている。
	ガンダムＳ シーマ	SNG-2S	カオスの偵察・電子戦用MS。 ガンダムSSをサポートする目的で開発された。
	フェザーファントム	XXX-00	カオスの可変MA。 試作機の開発中にカオスがコスモに敗れたため完成はしなかった。
ブラック・エンペラーズMS
	ザクＦ 　　　　ファルゲン	BE-03	ブラックエンペラーズの主力MS。
	ザクＦヘビーウェポン	BEC-03HW	ザクFを砲撃戦用のMSとした再設計した機体。
	グフＦ	BE-05	ブラックエンペーラズのエース専用機。 腕部の長さが変わるため、トリッキーに電ロッドで攻撃することができる。
	グフＦバスター	BEC-05BS	グフFの強化機。
	ゴックＷ 　　　　ワイルド	MBE-09	ブラックエンペラーズの水陸両用МS。
	ズゴックＷ	MBE-10	ブラックエンペーラズのエース専用機。 左腕に搭載されたパイルバンカーは、МSの装甲も紙のように貫いてしまう。
	アルメニア	BE-11	BEC-03HWやBEC-05BSの実戦データをもとに開発された量産機。
	プロイセン	BE-12	ブラックエンペラーズが戦争末期に開発した量産МS。 戦いの場が地上になったため、地上戦用の機体である。
	ブリティシュ	BE-13	ブラックエンペラーズが戦争末期に開発した量産МS。 戦いの場が地上になったため、地上用に開発されたプロイセンの製造が優先され、試作機3機のみがつくられた。
ブラック・エンペラーズMA
		ティアマット	ブラックエンペラーズの宇宙戦用MA。
		アプスー	ブラックエンペラーズの空戦用MA。 地上への爆撃を行うこともできる。
		マルドゥーク	ブラックエンペラーズの地上戦用MA。 中央の砲門はコロニーレーザーに匹敵する出力である。